抗体研究とエピトープマッピングサービス
Biospecimen1975抗体が単一アミノ酸分解能で結合する正確な場所を特定してください。高密度ペプチドマイクロアレイで特異性の検証、交差反応性の特性評価、臨界残基の定義を行います。
抗体がどこでどのように相互作用するかを把握しましょう
ほとんどの抗体検証は「結合する」ところで終わります。エピトープマッピングは、どこに(どのアミノ酸)、なぜ(臨界残基)、そしてどのように(立体構造的か線形的か)を教えてくれます。オフターゲット結合からエピトープ多様性まで、より良い候補者を形成し、後で予想外の事態を避けるために必要な情報を得てください。
特異性の検証と交差反応性の検出
抗体が本当に思っている通りのことをしているか確認してください。もし違うなら早めに確認してください。
1つの実験で数千のペプチドをスクリーニングします
同時に、相同タンパク質、関連抗原、さらにはランダムモチーフをカバーする最大45,000のペプチドを検査します。
予期せぬ信号を引き起こす要因を理解する
配列の類似性が交差反応性を引き起こしているのか、それとも翻訳後の修飾が特異性を変化させるのかを調べてください。
複数の抗体を並べて比較してください
単一および多クローンのサンプルをプロファイルし、共通ターゲット間のエピトープ多様性を理解しようとします。
線形および立体構造エピトープのマップ
ほとんどのペプチドマッピングプラットフォームは線形エピトープのみを検出可能です。私たちのものはそれを超えています。
立体構造エピトープの環状制約ペプチドをプローブ
異なるループサイズの環状ペプチドにより、多様なエピトープ構造のスクリーニングが可能になります。
単一アミノ酸分解能におけるマップ相互作用
単一の残基シフトで重なり合うペプチドは、すべての位置を検査可能です。
精製抗体だけでなく、複雑なサンプルでも効果があります
ポリクローナル血清や血漿をプロファイリングし、混合抗体集団間で固有の結合署名を特定すること。
重要残基を特定し最適化を導く
抗体がどこに結合するかを知ることが第一歩です。なぜそうなのかを知ることが、より良い抗体を駆動します。
置換スキャンは必要なアミノ酸位置と変動アミノ酸位置を識別します
エピトープ内の各位置を体系的に置き換え、どの相互作用が結合を生むか、または壊すかを調べます。
残基レベルデータとペプチド結合親和性を精錬する
より標的的の高い治療法やより感度の高い診断のために、ペプチド設計を最適化しましょう。
詳細なエピトープ情報で知的財産権の主張を強化しましょう
知的財産権の保護を高めるために、強く結合または許容される配列を特定します。
実際の研究課題への具体的な回答
エピトープマッピングの結果を考える最も有用な方法は、データが何を示しているかという観点から考えることです。ここでは、私たちが実際に取り組んだプロジェクト(マイクロアレイで得られる実際の数値とともに)をご紹介します。
交差反応性 抗体が正しい標的に結合しているのでしょうか?
標的特異性と、そのうち1体のタンパク質レベルの非標的結合を比較しました。ペプチドマイクロアレイのさらなるエピトープレベルでの解析により、TGM2ターゲットに類似したペプチド配列に対する交差反応性が明らかになりました。
バインディングモード 認識は線形エピトープに基づくのか、それとも立体構造的なエピトープに基づくのか?
線形および環状制約ペプチドに対する抗CD20抗体のマッピングによるマイクロアレイスキャンおよび強度プロットの比較。環状制約ペプチド上の明確なエピトープピークは、立体構造的なエピトープを示します。
特異性 リン酸化は抗体の結合にとってどれほど重要なのでしょうか?
2種類の抗ユビキチン抗体は結合特異性を示します。1つはリン酸化モチーフのみに結合し、もう1つは未修飾ユビキチンペプチドに優先結合します。
抗体結合は複雑になり得ます。
エピトープマッピングはそうであるべきではありません。
単一の実験で、サンプルの抗体結合活性のアミノ酸レベルの完全なプロファイルが得られます。
方法比較
なぜPEPperPRINTでエピトープをマッピングするのか
抗体分析の適切な方法を選ぶことが、必ずしも単一の要因に依存するわけではないことを私たちは理解しています。当社のプラットフォームは、高解像度データとスループット、コスト、アクセスの面で実用的な利点をバランスよく組み合わせたアプローチを提供します。従来のエピトープマッピング手法と比較すると、こちらがその比較方法です。
| PEPperCHIP®ペプチドマイクロアレイ | その他のペプチドマイクロアレイ/ペプチドライブラリ | ショットガン変異誘発/深部突然変異スキャン | ペプチド/タンパク質表示 | X線結晶構造学 | HDX-MS / XL-MS | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 線形エピトープ | ✓✓✓ | ✓✓✓ | ✓✓✓ | ✓✓ | ✓✓✓ | ✓✓✓ |
| 立体構造エピトープ | ✓ | ✓ | ✓✓ | ✕ | ✓✓✓ | ✓✓✓ |
| スループットレート | ✓✓✓ | ✓✓✓ | ✓ | ✓✓✓ | ✕ | ✓✓ |
| エピトープ分解能 | ✓✓✓ | ✕ | ✓✓ | ✓ | ✓✓✓ | ✓ |
| 費用 | € | € € € | € € € | € € | € € € | € € € |
| サンプルニーズ | 低め | 中程度 | ハイ | 低め | ハイ | ハイ |
典型的なエピトープマッピング
ご自身のラボでアッセイを行う場合でも、すべて私たちに任せる場合でも、各段階で期待できることをご紹介します。
①ターゲット定義とライブラリ設計
~1〜2日間
PEPperPRINT
マイクロアレイの設計
ターゲット配列と研究目的に基づいてペプチドライブラリを設計し、生産開始前にレイアウトを確認します。
お客様
質問の定義を教えてください
研究課題と抗原配列(FASTAまたはUniProt ID)を提出してください。ここからはPEPperPRINT社が全て対応します。
②マイクロアレイ製造
~5〜6週間
合成と前進
マイクロアレイを製造し品質管理を行い、直接サービスラボに送ります。
サンプルを発送してください
サンプルを送ってください。あとは俺たちがやる。
③イムノアッセイ
アッセイを実行してください
私たちはあなたのサンプルで蛍光ベースの免疫測定法を実施し、マイクロアレイをスキャンしてデータを収集します。
じっとしていろ
現時点では何も必要ありません。ご要望があれば、この時点でスキャン結果をお送りいたしますが、通常は報告書と一緒にすべてをお送りします。
④データと分析
~1〜2週間
報告書を提出してください
スキャンデータを分析し、注釈付きスキャン、強度プロット、解釈済みデータを含む詳細な報告書を提供します。
報告を受け取ってください
あなたの完全な分析報告書はデジタルで提供され、チームと共有したり、出版物に掲載したりする準備ができています。
FAQ
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エピトープマッピングはどのように機能していますか?
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私たちは蛍光を用いた免疫測定法を用いたペプチドスキャン法を用いています。基本的には、ターゲットタンパク質をチップ上の重なり合うペプチドとして「再現」し、サンプルとインキュベートし、二次抗体で染色し、アレイ上の各ペプチドの蛍光信号を定量してエピトープを特定します。
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エピトープマッピングには何を用意すればよいのでしょうか?
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まず、FASTA形式の抗原配列、またはUniProt IDが必要となります。お客様の具体的なプロジェクトにおいて、アッセイを実施するために必要な血清または精製抗体の量については、別途ご相談させていただきます。
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エピトープマッピングにはどれくらいの抗体が必要ですか?
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正確な量は実験の設計によって異なりますが、標準的なマッピングプロジェクトでは、通常、精製抗体5～20 µg、あるいは血清または血漿10～40 µLを使用します。
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エピトープ配列はすでに知っています。結合に重要なアミノ酸を特定する手助けをしてもらえますか?
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はい、この場合は直接置換スキャンに進むことができます。アラニンスキャンと同様ですが、各アミノ酸の位置を単にアラニンに置き換えるのではなく、各アミノ酸を他のすべてのアミノ酸（または要望に応じてD-アミノ酸）に置き換え、それぞれのペプチド変異体が元のエピトープと比較してどのように結合するかを評価します。
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私たちは血清からのエピトープ特異的抗体の分離に関心があります。これについても手伝ってもらえますか?
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可能です。ターゲットのスクリーニングや抗体の検証に加え、抗体の単離も弊社に委託いただけます。エピトープが判明次第、検証済みのカラム法を用いて、ポリクローナルサンプルからターゲット抗体を単離いたします。
